In der Praxis führt der Nachweis des Transports der Ware von einem Mitgliedstaat in einen anderen bei innergemeinschaftlichen Erwerben von Gegenständen häufig zu Kontroversen in Prüfungsverfahren. Allein die Rechnung mit innergemeinschaftlicher Umsatzsteuer-Identifikationsnummer und die Meldung des Umsatzes im Formular 349 „Zusammenfassende Meldung innergemeinschaftlicher Umsätze“ reichen nicht aus, wenn die physische Beförderung der Waren sowie deren Empfang nicht nachgewiesen werden können.

Dieses Problem kann insbesondere in Fällen auftreten, in denen dem Unternehmen kein unterzeichneter CMR-Frachtbrief vorliegt oder das Dokument zwar vorhanden, aber unvollständig ist. In der Praxis ist dies keine Seltenheit, denn die Realität ist komplex: Es sind externe Spediteure, Logistikdienstleister, Abholungen und Lagerungen, Teillieferungen oder automatisch generierte Unterlagen beteiligt. Diese spiegeln nicht immer eindeutig die Herkunft, den Bestimmungsort und insbesondere den Empfang der Ware wieder.

Das vollständige oder teilweise Fehlen eines CMR-Frachtbriefs sollte jedoch nicht automatisch dazu führen, dass der Transport geleugnet wird. Zwar ist der unterzeichnete CMR-Frachtbrief in der Praxis aufgrund seines direkten Bezugs zum Transport und zur Entgegennahme der Waren meist das nützlichste Dokument, er sollte jedoch nicht als einziges „unverzichtbares“ Dokument angesehen werden. Vielmehr muss ein solides Beweismaterial zusammengestellt werden, das beispielsweise aus folgenden Unterlagen bestehen kann: Dazu zählen Bestellungen, unterzeichnete Lieferscheine, Beförderungsverträge, Logistikrechnungen, E-Mails zur Lieferbestätigung, Zahlungsbelege, Rückverfolgbarkeitsaufzeichnungen, Lagerunterlagen oder Erklärungen des Erwerbers, sofern diese eine plausible Rekonstruktion des Abgangs, der Ankunft und des Empfangs der Ware ermöglichen.

Die Folgen eines fehlenden Transportnachweises sind erheblich. So kann der Vorgang seinen Status als innergemeinschaftlicher Umsatz verlieren. Für den Lieferanten könnte die Lieferung ihre Mehrwertsteuerbefreiung am Ursprungsort verlieren und für den Erwerber könnte das Vorliegen eines ordnungsgemäß am Bestimmungsort gemeldeten innergemeinschaftlichen Erwerbs infrage gestellt werden. Dies kann zu Mehrwertsteuerberichtigungen, Zinsen, Strafen und Problemen bei der Vorsteuerabzugsfähigkeit führen, wenn die Unterlagen die Parteien und die tatsächlichen Umstände des Geschäfts nicht ausreichend identifizieren.

Daher ist es im Bereich der innergemeinschaftlichen Mehrwertsteuer mehr als empfehlenswert, die internen Dokumentationsabläufe zu überprüfen, um den Anforderungen einer Prüfung oder einer bloßen Überprüfung durch die Verwaltungsstellen des Finanzamts zuvorzukommen. Der Transportnachweis sollte nicht erst beschafft werden, wenn die Behörde ihn anfordert, sondern bereits ab dem Zeitpunkt der Geschäftsdurchführung aufbewahrt werden. Zwar sollte die wirtschaftliche Realität Vorrang haben, doch im Bereich der Mehrwertsteuer können fehlende Unterlagen, die die wirtschaftliche Realität belegen, Konsequenzen nach sich ziehen.