En las adquisiciones intracomunitarias de bienes, una cuestión que en la práctica genera frecuentes controversias en procedimientos de inspección es la prueba del transporte de la mercancía desde un Estado miembro a otro. La factura con NIF-IVA intracomunitario y la declaración de la operación en el modelo 349 "declaración recapitulativa de operaciones intracomunitarias", no bastan por sí solos si no puede acreditarse el desplazamiento físico de los bienes, así como la recepción de dichos bienes.

El problema se puede plantear especialmente en aquellos casos en que la empresa no dispone de una carta de transporte CMR firmada o cuando el documento existe, pero está incompleto. En la práctica, esto no es infrecuente, la realidad es compleja: intervienen transportistas externos, operadores logísticos, recogidas y depósitos en almacén, entregas parciales o documentación que se genera de forma automática y que no siempre refleja con claridad el origen, el destino y, especialmente, la recepción de la mercancía.

Ahora bien, la ausencia total o parcial de CMR no debería conducir automáticamente a negar la realidad del transporte. Es cierto que, en términos prácticos, el CMR firmado suele ser el documento más útil, por su conexión directa con el transporte y la recepción de los bienes, pero, también es cierto, que no se debería calificar de único documento "imprescindible", sino de construir un conjunto probatorio sólido: pedidos, albaranes firmados, contratos de transporte, facturas logísticas, correos de confirmación de entrega, justificantes de pago, registros de trazabilidad, documentación de almacén o declaraciones del adquirente, siempre que permitan reconstruir razonablemente la salida, llegada y recepción de la mercancía.

Las consecuencias de no poder probar el transporte son relevantes. La operación puede perder su calificación como intracomunitaria: para el proveedor, la entrega podría dejar de estar exenta de IVA en origen; para el adquirente, podría cuestionarse la existencia de una adquisición intracomunitaria correctamente declarada en destino. Ello puede implicar regularizaciones de IVA, intereses, sanciones y problemas de deducibilidad si la documentación no identifica adecuadamente a las partes y la realidad de la operación.

Por ello, en materia de IVA intracomunitario, resulta más que recomendable revisar los circuitos internos de documentación y adelantarse, de esta forma, a los requerimientos de una inspección o de una mera comprobación de los órganos de gestión de la Agencia Tributaria. La prueba del transporte no debería buscarse cuando la Administración la solicita, sino conservarse desde el momento de la ejecución de la operación. La realidad económica debería prevalecer, pero, en materia de IVA, la ausencia de documentos suficientes que acrediten la realidad económica puede tener consecuencias.